削除したユーザーが作成・編集したノートは削除後も残りますか？

はい。
チームからメンバーを削除した場合でも、そのメンバーがチーム参加中に作成・編集した情報はそのまま残ります。

削除される情報はユーザー情報のみとなりますのでご安心ください。